В структурном отношении Забайкалье делится на области байкальской, каледонской, герцинской и мезозойской складчатости.
Наиболее древние области байкальской и каледонской складчатости охватывают западную и северо-западную части Забайкалья. В пределах Зачикойской горной страны и Даурского массива располагается область герцинской складчатости, а территория Восточного Забайкалья отвечает области проявления мезозойской складчатости. Область герцинского и прилегающие к ней части каледонского складчатых сооружений являются восточным продолжением обширной Центрально-Азиатской складчатой области, называемой в литературе Монголо-Охотским складчатым поясом. Территория проявления мезозойской складчатости Забайкалья тяготеет к области Тихоокеанского пояса.
Области древней байкальской, каледонской и герцинской складчатости, сложенные сильно дислоцированными архейскими, протерозойскими и палеозойскими кристаллическими и осадочными комплексами, составляют нижний структурный этаж, или фундамент, региона. Более молодые слабо дислоцированные геологические образования мезозоя покрывают на отдельных участках породы фундамента и являются верхним структурным этажом.
Породы нижнего структурного этажа сильно дислоцированы и нарушены серией расколов меридионального и северо-восточного направлений. Основные структурные элементы в домезозойских породах обладают меридиональным направлением с некоторым отклонением в северо-западных и северо-восточных румбах.
К мезозойскому времени области байкалид и каледонид были уже консолидированы и на все последующие тектонические напряжения реагировали возобновлением подвижек по древним разломам и возникновением ряда новых расколов, разобщивших субстрат на ряд блоков.
Область герцинской складчатости к этому времени еще сохранила свою подвижность и являлась эпигерцинской платформой.
Восточное Забайкалье переживало заключительную стадию развития мезозойской геосинклинали. В остаточных впадинах восточных окраинных частей территории происходило накопление триасовых, нижне- и среднеюрских морских осадков. Одновременно шло образование межгорных троговых впадин и накопление в них мезозойских континентальных, в том числе угленосных, отложений. Континентальные-отложения характеризуются спокойным залеганием и лишь вблизи тектонических нарушений углы наклона слоев достигают 20° и реже 35—40°.
Байкальское нагорье, в пределах которого складкообразование закончилось к концу нижнего кембрия, представлено довольно сложным сочетанием различных геоморфологических районов. Центральная часть Байкальского нагорья является самой высокой по рельефу областью, отнесенной В. А. Обручевым к Становому поднятию (Становой хребет в современном геоморфологическом понимании). С запада и северо-запада к Становому поднятию примыкает Приленская возвышенность. Понижение Станового поднятия в восточном и юго-восточном направлениях происходит несколькими уступами. Границами между уступами служат разломы, в силу чего уступы обладают некоторыми геологическими особенностями.
В поперечном профиле Становой хребет имеет вид пологого свода, названного Е.В. Павловским областью сводового поднятия.
Основные разломы, разделяющие разнородные структурно-фациальные зоны, являются древними по времени образованиями, обладают глубоким заложением и весьма длительным прерывистым периодом их активности. Дифференцированные движения блоков вдоль разломов, возобновившиеся в начале мезозоя, привели к поднятию одних и опусканию соседних с ними других блоков земной коры. Это обусловило заложение Гусиноозерской, Тугнуйской, Чикое-Ингодинской, Хилокской, Хараноро-Тургинской, Чарской и Каларской впадин и накопление в них континентальных, в том числе угленосных и сланценосных, отложений.
С зонами глубинных разломов связана активная интрузивная и эффузивная деятельность. К ним же приурочены и основные металлогенические пояса с полиметаллическим и редкометальным оруденением.
Продолжающееся поднятие Станового свода привело к расширению сводового поднятия, к соответствующему смещению к востоку и юго-востоку от Станового хребта участков заложения новых впадин и к накоплению в них более поздних мезозойских осадков. Зависимость состава разреза мезозойских отложений от расширения сводового поднятия отчетливо подчеркивается различным строением разреза во впадинах по районам. В депрессиях западной части Забайкалья в разрезе континентальных мезозойских отложений присутствуют осадки верхнего триаса, средней юры, верхней юры и нижнего мела. Во впадинах Центрального Забайкалья имеются отложения средней юры, верхней юры и нижнего мела. Во впадинах Восточного Забайкалья развиты осадки верхнеюрского и нижнемелового возраста. Впадины, расположенные восточнее и южнее, завершают разрез мезозоя третичными осадками.