Угленосность Северной Ферганы связана с осадками верхнего лейаса (Нарын, Тегенек) и доггера (Аркит).
Для отдельных месторождений характерен несколько различный литологический состав угленосных отложений, а также различная степень угленасыщенности разреза.
Угленосная свита Нарына и Тегенека слагается преимущественно алевролитами, аргиллитами с подчиненным значением углистых аргиллитов и песчаников. На Нарынском месторождении этой свите подчинено до 5 углесодержащих комплексов сложного строения.
Угленосные отложения Тегенека представлены одной чрезвычайно сложной угольной залежью. На месторождении Ходжа-Ата в разрезе продуктивных отложений (предположительно верхний лейас) преобладают глинистые и песчано-глинистые осадки. К аргиллито-алевритовой толще тумньякской свиты (доггер) Аркита приурочены преимущественно маломощные пласты и пропластки угля. Пласты угля месторождения Падша-Ата приурочены к однообразной глинистой продуктивной толще (верхний лейас — доггер).
Угленасыщенность юрского разреза в значительной степени определяется его литологическим составом. Так, юрская толща Аркита отличается наибольшей мощностью (1055 м); в ее составе преобладают песчанистые и даже песчано-конгломератовые отложения, характеризующиеся наименьшей угленасыщенностью. Наибольшей угленасыщенностью отличается менее мощный (300—330 м) юрский разрез Падша-Ата и Ходжа-Ата, представленный преимущественно глинистыми осадками.