Горный рельеф с большими относительными превышениями (до 1500 м) над долинами рек и ручьев обеспечивает отработку около 80% всех запасов угля месторождения этажными полевыми штольнями в нисходящем порядке. Углы падения пластов угля северного крыла постепенно уменьшаются к оси синклинальной складки от 55 до 0°; в пределах штольневых запасов преобладают углы падения от 30 до 44°. В свиту рабочих угольных пластов входят тонкие мощностью от 0,50 до 1,50 м (пласты № 3, 3-в, 4, 16); средние мощностью от 1,5 до 3 м (пласты № 6, 8, 14—15, 16) и мощные от 3 м и выше (пласты № 9, 10, 11, 12, 13).
По шкале М.М. Протодьяконова крепость угля определяется V—VI категориями, песчаника — VI—IX категориями, аргиллита и алевролита — VI категорией. В целике уголь довольно прочный, при взрывных работах легко дробится до кусков размером 2—4 см.
От общей мощности угленосной толщи уголь составляет 12—15,%, аргиллиты и алевролиты 30—50%, песчаники 20—25%, конгломераты и гравелиты 12—15%.
Основная кровля пластов угля довольно устойчивая, непосредственная кровля местами представлена углистыми аргиллитами и не обладает большой устойчивостью.
Угольные пласты месторождения являются пыленосными и газоносными; метан содержится в пустотах, трещинах. На месторождении имеется ряд действующих подземных очагов пожара.
В процессе ведения геологоразведочных работ встречены выделения метана при пересечении штольней № 3 пластов № 12, 12-в, 13 (Джижикрутский участок). Обильное выделение газов наблюдалось при бурении скв. 33 (Западная площадь) при пересечении ею пластов № 12 и 13 на глубине порядка 450 м.
Характер выделения метана — кратковременные суфляры; выделение продолжалось в течение 4 дней. При подходе к пласту № 12 в штольне № 3 содержание метана в рудничном воздухе на интервале 150—200 м от забоя штольни колеблется от 5 до 9,5% (возрастая к забою). Замеры непосредственно в забое (на глубине 500 м) показали содержание метана 20—21%. При дальнейшей проходке штольни интенсивного выделения газа не наблюдалось.
Замерами в других горных выработках существенного содержания метана в рудничном воздухе не обнаружено. Это, очевидно, можно объяснить благоприятными для дегазации геологическими условиями на месторождении (крутое падение угольных пластов, открытое северное крыло основной синклинали и значительная расчлененность рельефа). Однако на глубоких горизонтах возможна большая газоносность угольных пластов.
Угли месторождения содержат до 20—38% летучих, что делает их опасными по взрыву каменноугольной пыли.
Все эти данные дают основание отнести Фан-Ягнобское каменноугольное месторождение к опасным по газу и пыли.