Магматические проявления среди мезозойских отложений известны только на восточной окраине депрессии в районе северо-западных склонов Дарваза и его южного отрога — хребта Хозретиши.
Здесь имеются мелкие интрузии пластового характера, основного состава, которые прорывают юрские и меловые отложения. С некоторыми из них связывают полиметаллические рудопроявления в верхнемеловых известняках. Одна из таких интрузий прорывает на месторождении Мианаду угленосную толщу, в результате чего уничтожен ряд пластов этого месторождения.
На контактах интрузии с вмещающими ее породами отмечается оплавление их. Здесь же устанавливается и интенсивное проявление вулканической деятельности, происходившей в нижнеюрское время, на что указывает присутствие стволов и пней деревьев в туфогенных отложениях.
Большая мощность эффузивной толщи свидетельствует о том, что вулканическая деятельность была длительной и проявлялась неоднократно. В отдельные периоды вулканогенный материал покрывал резко эродированные поверхности, заполняя все неровности рельефа.