По петрогенному составу редкометалльные пегматиты наиболее близки лейкократовым гранитам пегматитоносных комплексов, отличаясь от них несколько более низкими содержаниями фемических компонентов. Многими авторами подчеркивается закономерное снижение величины отношения SiO2/Al2O3 от простых (безрудных) ко все более сложным собственно редкометалльным пегматитам. Однако данные табл. 6.1 показывают, что эта тенденция проявлена далеко не во всех пегматитовых полях, а иногда наблюдается даже обратная картина. Например, в Завитинском поле, где рост кремнекислотности от гранит-пегматитов и калишпат-альбитовых пегматитов к сподуменовым пегматитам происходит при относительно стабильном содержании Al2O3. Повышенные содержания глинозема (более 16 %) характерны для комплексных пегматитов сподуменовой подформации. Поведение SiO2 и Al2O3 в зональных пегматитовых телах подвержено резким колебаниям в связи с образованием участков, зон, линз, обогащенных кварцем либо слюдами (табл. 6.2).
Как правило, наблюдается снижение содержаний фемических компонентов — Fe, Mg, Ca — от начальных к конечным членам эволюционных рядов пегматитов, от ранних к поздним минерально-парагенетическим комплексам. В некоторых полях, в наиболее богатых сподуменом пегматитах литиевого ряда, наблюдается не снижение, а возрастание по сравнению с безрудными пегматитами, содержаний Mg и Fe, входящих в качестве примесей в состав сподумена.
Иное поведение характерно для марганца, входящего вместе с железом в гранаты, турмалины, слюды, фосфаты и тантало-ниобаты. В ходе пегматитового процесса соотношение Mn и Fe в перечисленных минералах изменяется в пользу первого. В итоге часто наблюдается заметное обогащение марганцем наиболее редкометалльных пегматитовых тел.
Как известно, геохимия пегматитового процесса в первую очередь определяется щелочами. От начальных к конечным членам любых эволюционных рядов наблюдается постепенное возрастание роли натрия относительно калия. Однако поведение этих элементов в процессе становления пегматитовых тел очень сложно. Тенденция разделения К и Na, отмеченная в гл. 3 для пегматоидных гранитов и гранит-пегматитов, резко усиливается в пегматитах, достигая апогея в наиболее "зрелых" типах. Это проявляется в образовании в пегматитах зон (полос, участков), резко различающихся по соотношению натриевых (плагиоклазы) и калиевых (калишпат, слюды) минералов. В одних случаях внешние зоны тел представлены существенно кварц-калишпатовым графическим пегматитом, за которым может следовать зона блокового калишпата, тогда как во внутренних частях преобладают парагенезисы альбита с кварцем, слюдами, литиевыми алюмосиликатами. Таковы, например, некоторые комплексные пегматиты типа жилы 3 Кокто гайского месторождения. Количество K2O и Na2O в различных зонах этого тела изменяется более чем на порядок (см. табл. 6.2). В комплексных пегматитах петалитовой подформации во внешних зонах, как правило, превалирует альбит, а зоны блокового калишпата и участки с повышенным количеством слюд тяготеют к внутренним частям тел. В протяженных пологозалегающих пегматитовых телах неравномерное, контрастное распределение щелочей наблюдается не только вкрест, но и по простиранию пегматитовых тел, одни части которых могут быть обогащены калием, а другие — натрием. Резкое снижение содержаний щелочей — как калия, так и натрия — наблюдается в кварцевых ядрах и наиболее богатых сподуменом либо петалитом зонах (см. табл. 6.1, 6.2).