Апатит является характерным акцессорным минералом пегматитов с самой разнообразной минерализацией. На месторождениях изумруда он встречается не только в пегматитах (Мозамбик, Украина, Урал, Болгария, Испания, Пакистан и др.), но также в плагиоклазитовых зонах и линзах (Изумрудные копи, Рила Планина), а также в слюдистых экзоконтактовых метасоматитах (Изумрудные копи, Рила Планина, Франкуйера, Сомерсет Майн, Индия, Мадагаскар и др.). В метасоматитах апатит часто ассоциирует с изумрудом.
В Изумрудных копях апатит развит преимущественно во флогопитовой и хлоритовой зонах в виде призматических и короткостолбчатых кристаллов размером до 1х1,5х4 см, а иногда и более. Цвет минерала — светло-зеленый, светло-серый, серовато-голубой, белый, бледно-фиолетово-розовый, желтый и синевато-зеленый. По химическому составу минерал соответствует фторапатиту с содержаниями редких земель 0,2-0,5 %. Среди последних преобладают легкие РЗЭ.
На месторождении Халтаро апатит встречается в турмалин-альбитовых жилах, а на месторождениях Хидденит и Шелби он отмечен в миароловых полостях.
Апатит присутствует также в пегматитах, богатых корундом и андалузитом (Калифорния), кордиеритом (Алтай), дистеном (Монтана), скаполитом (Южная Каролина, Северное Приладожье, Финляндия), кальцитом (Канада), а также редкими бериллиевыми минералами (Антарктида).