Меррей и Peнap впервые сообщили о присутствии анальцима в глубоководных осадках, где он встречается гораздо реже, чем филлипсит и клиноптилолит. Обычно анальцим ассоциируется в морской среде с базальтовым материалом в противоположность озерным осадкам, где неизмененные стекла отсутствуют и он, по-видимому, образуется по другим цеолитам, например по клиноптилолиту, эрноциту и филлипситу. Хэй, Кестнер и Стоунсифер заметили, что содержание анальцима возрастает с удревнением осадков. Он ассоциируется со смектитом, хлоритом и селадонитом, а также с вдвое более многочисленными цеолитами — филлипситом и клиноптилолитом. Согласно Кестнер и Стоуненфер, условия для формирования апальцима становятся более благоприятными в толще осадков, чем на их поверхности, поскольку возрастает активность кремнезема в иловых водах.